申诉专员公署是依据《申诉专员条例》运作的独立法定机构。成立公署的目的是为市民提供申诉途径。倘若市民对政府部门或公营机构的行政决定、行为、建议或不作为有所不满，便可由这个独立机构进行调查并作出报告。申诉专员直接向行政长官负责，担当监察政府的角色。这样可以确保官僚习性不会影响行政公平；公营机构向市民提供便捷的服务；职权不致滥用；错误得以纠正；公职人员受到不公平指责时能够寻明事实真相；人权得以保障；以及公营机构不断提高服务质素和效率。申诉专员的职权管辖范围涵盖几乎所有政府部门和 15 个主要的公营机构，包括机场管理局、雇员再培训局、香港艺术发展局、香港考试局、香港房屋委员会、香港房屋协会、香港金融管理局、香港康体发展局、医院管理局、九广铁路公司、土地发展公司、立法会秘书处、强制性公积金计划管理局、证券及期货事务监察委员会和职业训练局。香港警务处及廉政公署，由于本身设有独立机制处理市民的投诉，所以不属于申诉专员的管辖范围。

除了调查投诉外，申诉专员还可主动展开直接调查，并公布涉及公众利益的调查报告。直接调查采取积极主动的方针，务求解决可能影响普罗大众的问题。这类调查可收防微杜渐之效，避免行政上出现严重失误；亦可根治引致投诉的基本问题，防止日后再有同类的投诉。自一九九四年至今，申诉专员公署共完成 29 项直接调查，其中五项在二零零零年完成，分别是关于公共屋邨私家诊所及牙医诊所服务的提供和管理情况；二手汽车／电单车及相关零件进出口、储存及运载事宜的监管机制；本地旅行代理商营办访港旅行团事宜的监管机制；有关雇员再培训局提供再培训课程的若干问题；以及受土地发展公司发展计划影响的临时市政局设施租户及档户的搬迁安排。

此外，现正进行的直接调查有四项，包括旅客涉嫌使用伪造或其他可疑旅行证件事宜的处理程序；房屋委员会及房屋署管理建造工程事宜；政府火葬场的管理事宜；以及没有持身分证明文件而拟出／入境，或在出入境管制站被发现或被遣返香港的人士的出入境管制程序。

该署的资源中心备有所有已完成的直接调查的报告，欢迎市民索阅。

《申诉专员条例》亦赋予申诉专员权力，可以就有关政府部门（包括警务处和廉政公署）违反《公开资料守则》的投诉展开调查。申诉专员以独立人士的身分，覆检涉嫌违反《公开资料守则》的个案。

二零零零年，该署接获共 10 819 宗查询及 3 346 宗投诉；一九九九年接获的查询及投诉分别为 9 893 宗和 3 557 宗。较多人投诉的事项包括 ∶ 出错；错误建议／决定；厚此薄彼；疏忽职守或不作为；没有就投诉作出回应；延误；监管不足；以及滥用职权。

最多人投诉的部门是房屋署、惩教署、地政总署、入境事务处、食物环境衞生署、社会福利署、运输署、屋宇署、法律援助署和政府总部。这些大多是与市民接触较多和较频密的部门，而投诉的数字较多亦与这些部门所提供服务的性质有关。