政务司司长就政府制定并推行政策向行政长官负责。政务司司长是公务员的首长，与财政司司长和律政司司长同属行政长官的首要顾问。

政务司司长主要以政府总部首长身分发出指示。政府总部是政府中央机构，辖下有各决策局和资源局的局长和工作人员。政务司司长是行政会议的最高职级官方成员，并在行政长官短期不能履行职务时代理其职务。

财政司司长直接向行政长官负责。他的职责是制定政府的财政、金融和经济政策，并统率政府总部库务局、财经事务局、工商局、经济局和工务局，以及香港金融管理局的工作。财政司司长亦是外汇基金谘询委员会、经济谘询委员会和银行业务谘询委员会的主席。

财政司司长根据《公共财政条例》，每年向立法会提交政府的收支预算案。财政司司长每年发表财政预算案演词，概述政府的财政预算建议，并动议通过《拨款条例草案》，使每年预算案中各项开支建议在法律上生效。

中央政策组因应行政长官、政务司司长和财政司司长的特别需要提供机密意见，并直接向他们汇报。

中央政策组广泛征询工商界、专业人士、政治组织、压力团体和学术界的意见，深入研究复杂的政策问题，分析各项方案，以及提出切实可行的建议，供政府内部考虑。该组亦负责统筹每年《施政报告》的编制工作，并为行政长官担任主席的策略发展委员会提供秘书支援服务。

效率促进组直接向政务司司长负责。该组致力推动政府在管理和提供服务方面锐意革新的政策方针，力求提供快捷有效的公共服务，以满足市民的需要。

效率促进组推行公营部门改革，推广最佳管理模式，使政府服务日臻完善。该组为政府公营部门改革订定明确的方向，把多项改革措施结合为一套新的管理纲领。初期的工作重点是推行服务市民计划，改革公营部门的服务文化，提倡顾客服务，使政府更趋开明问责。该组除了继续推行服务市民计划外，近期更致力提高政府的效率、推行目标一致的跨部门服务模式、引进新科技、引入私营机构的专长和经验，力求革新公共服务。主要的工作项目包括协助部门衡量服务表现和订定工作目标，进行全面的开支检讨，设立夜间电话联络中心，制定政府服务电子化策略，并为把服务外判私营机构的部门提供支援。

香港特别行政区政府在组织上分为局和部门。各局合组成政府总部，每个局由一位负责决策的局长掌管。二零零零年，政府设有 16 个决策局，其中两个是资源局，分别负责财政和公务员事务。

政府内部有 70 个部门和机关。这些部门和机关的首长均须向所属局长负责，领导辖下的部门，有效推行已获通过的政策。不过，有些部门则属例外。为确保地位独立，审计署署长直接向立法会述职，而廉政专员和申诉专员则直接向行政长官述职。至于律政司，则由律政司司长负责。