申訴專員公署是依據《申訴專員條例》運作的獨立法定機構。成立公署的目的是為市民提供申訴途徑。倘若市民對政府部門或公營機構的行政決定、行為、建議或不作為有所不滿，便可由這個獨立機構進行調查並作出報告。申訴專員直接向行政長官負責，擔當監察政府的角色。這樣可以確保官僚習性不會影響行政公平；公營機構向市民提供便捷的服務；職權不致濫用；錯誤得以糾正；公職人員受到不公平指責時能夠尋明事實真相；人權得以保障；以及公營機構不斷提高服務質素和效率。申訴專員的職權管轄範圍涵蓋幾乎所有政府部門和 15 個主要的公營機構，包括機場管理局、僱員再培訓局、香港藝術發展局、香港考試局、香港房屋委員會、香港房屋協會、香港金融管理局、香港康體發展局、醫院管理局、九廣鐵路公司、土地發展公司、立法會秘書處、強制性公積金計劃管理局、證券及期貨事務監察委員會和職業訓練局。香港警務處及廉政公署，由於本身設有獨立機制處理市民的投訴，所以不屬於申訴專員的管轄範圍。

除了調查投訴外，申訴專員還可主動展開直接調查，並公布涉及公眾利益的調查報告。直接調查採取積極主動的方針，務求解決可能影響普羅大眾的問題。這類調查可收防微杜漸之效，避免行政上出現嚴重失誤；亦可根治引致投訴的基本問題，防止日後再有同類的投訴。自一九九四年至今，申訴專員公署共完成 29 項直接調查，其中五項在二零零零年完成，分別是關於公共屋邨私家診所及牙醫診所服務的提供和管理情況；二手汽車／電單車及相關零件進出口、儲存及運載事宜的監管機制；本地旅行代理商營辦訪港旅行團事宜的監管機制；有關僱員再培訓局提供再培訓課程的若干問題；以及受土地發展公司發展計劃影響的臨時市政局設施租戶及檔戶的搬遷安排。

此外，現正進行的直接調查有四項，包括旅客涉嫌使用偽造或其他可疑旅行證件事宜的處理程序；房屋委員會及房屋署管理建造工程事宜；政府火葬場的管理事宜；以及沒有持身分證明文件而擬出／入境，或在出入境管制站被發現或被遣返香港的人士的出入境管制程序。

該署的資源中心備有所有已完成的直接調查的報告，歡迎市民索閱。

《申訴專員條例》亦賦予申訴專員權力，可以就有關政府部門（包括警務處和廉政公署）違反《公開資料守則》的投訴展開調查。申訴專員以獨立人士的身分，覆檢涉嫌違反《公開資料守則》的個案。

二零零零年，該署接獲共 10 819 宗查詢及 3 346 宗投訴；一九九九年接獲的查詢及投訴分別為 9 893 宗和 3 557 宗。較多人投訴的事項包括︰出錯；錯誤建議／決定；厚此薄彼；疏忽職守或不作為；沒有就投訴作出回應；延誤；監管不足；以及濫用職權。

最多人投訴的部門是房屋署、懲教署、地政總署、入境事務處、食物環境衞生署、社會福利署、運輸署、屋宇署、法律援助署和政府總部。這些大多是與市民接觸較多和較頻密的部門，而投訴的數字較多亦與這些部門所提供服務的性質有關。