政務司司長就政府制定並推行政策向行政長官負責。政務司司長是公務員的首長，與財政司司長和律政司司長同屬行政長官的首要顧問。

政務司司長主要以政府總部首長身分發出指示。政府總部是政府中央機構，轄下有各決策局和資源局的局長和工作人員。政務司司長是行政會議的最高職級官方成員，並在行政長官短期不能履行職務時代理其職務。

財政司司長直接向行政長官負責。他的職責是制定政府的財政、金融和經濟政策，並統率政府總部庫務局、財經事務局、工商局、經濟局和工務局，以及香港金融管理局的工作。財政司司長亦是外匯基金諮詢委員會、經濟諮詢委員會和銀行業務諮詢委員會的主席。

財政司司長根據《公共財政條例》，每年向立法會提交政府的收支預算案。財政司司長每年發表財政預算案演詞，概述政府的財政預算建議，並動議通過《撥款條例草案》，使每年預算案中各項開支建議在法律上生效。

中央政策組因應行政長官、政務司司長和財政司司長的特別需要提供機密意見，並直接向他們匯報。

中央政策組廣泛徵詢工商界、專業人士、政治組織、壓力團體和學術界的意見，深入研究複雜的政策問題，分析各項方案，以及提出切實可行的建議，供政府內部考慮。該組亦負責統籌每年《施政報告》的編製工作，並為行政長官擔任主席的策略發展委員會提供秘書支援服務。

效率促進組直接向政務司司長負責。該組致力推動政府在管理和提供服務方面銳意革新的政策方針，力求提供快捷有效的公共服務，以滿足市民的需要。

效率促進組推行公營部門改革，推廣最佳管理模式，使政府服務日臻完善。該組為政府公營部門改革訂定明確的方向，把多項改革措施結合為一套新的管理綱領。初期的工作重點是推行服務市民計劃，改革公營部門的服務文化，提倡顧客服務，使政府更趨開明問責。該組除了繼續推行服務市民計劃外，近期更致力提高政府的效率、推行目標一致的跨部門服務模式、引進新科技、引入私營機構的專長和經驗，力求革新公共服務。主要的工作項目包括協助部門衡量服務表現和訂定工作目標，進行全面的開支檢討，設立夜間電話聯絡中心，制定政府服務電子化策略，並為把服務外判私營機構的部門提供支援。

香港特別行政區政府在組織上分為局和部門。各局合組成政府總部，每個局由一位負責決策的局長掌管。二零零零年，政府設有 16 個決策局，其中兩個是資源局，分別負責財政和公務員事務。

政府內部有 70 個部門和機關。這些部門和機關的首長均須向所屬局長負責，領導轄下的部門，有效推行已獲通過的政策。不過，有些部門則屬例外。為確保地位獨立，審計署署長直接向立法會述職，而廉政專員和申訴專員則直接向行政長官述職。至於律政司，則由律政司司長負責。